В 1991 году Лерой Джетро Гиббс начинает службу специальным агентом Военно-морской следственной службы на базе Кэмп-Пендлтон. Он попадает в небольшую команду Майка Фрэнкса, где работают Вера Стрикленд, Бернард «Рэнди» Рэндольф и Мэри Джо Хейз. В расследованиях участвует и Лала Домингес, связанная с Гиббсом по работе в отделе.
Команда ведет дела о преступлениях, связанных с военными и базой, а Гиббс осваивается в новой службе. В третьем сезоне действие переносится и в настоящее время: взрослый Гиббс возвращается к событиям своей работы в Кэмп-Пендлтоне, когда давнее расследование вновь оказывается важным.